Zgodnie z rozporządzeniem wykonawczym Komisji (UE) nr 809/2014z dnia 17 lipca 2014 r. ustanawiającym zasady stosowania rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE)
nr 1306/2013 w odniesieniu do zintegrowanego systemu zarządzania i kontroli, środków rozwoju obszarów wiejskich oraz zasady wzajemnej zgodności:

1) kontrole administracyjne dotyczące operacji inwestycyjnych obejmują przynajmniej jedną wizytę odnośnie do operacji będącej przedmiotem wsparcia lub miejsca inwestycji w celu weryfikacji jej realizacji (art. 48 ust. 5),

2) państwa członkowskie organizują kontrole na miejscu dotyczące zatwierdzonych operacji na podstawie odpowiedniej próby. Jeżeli to możliwe, kontrole przeprowadza się przed dokonaniem ostatniej płatności dla danej operacji (art. 49 ust. 1).

Z uwagi na konieczność płynnej obsługi procedowanych spraw oraz wypłatę środków beneficjentom, proponuje się, w miarę możliwości, przeprowadzenie ww. kontroli „zza biurka”, bez bezpośredniego kontaktu z beneficjentami. W tym celu beneficjenci, tam gdzie jest to możliwe, powinni dostarczyć,
na prośbę agencji płatniczej lub podmiotu wdrażającego, dokumenty potwierdzające realizację operacji w zakresie finansowym oraz rzeczowym w formie elektronicznej. Podobne rozwiązanie zostało przyjęte przez Ministerstwo Funduszy i Polityki Regionalnej w zakresie polityki spójności. Zdaniem MRiRW, wymagane przepisami kontrole na miejscu można ograniczyć do niezbędnego minimum.

Zgodnie z przepisami rozporządzenia Komisji (UE) nr 809/2014 wydatki objęte kontrolami na miejscu stanowią co najmniej 5% wydatków, przy czym przy obliczaniu minimalnego poziomu próby uwzględnia się kontrole przeprowadzone do końca roku kalendarzowego (art. 50 ust 1 i 2). W związku z tym wskaźnik 5% wydatków objętych kontrolami na miejscu będzie można uzupełnić w terminie późniejszym.

W odniesieniu do kontroli operacji inwestycyjnych możliwe jest odstąpienie od przeprowadzenia wizyty i uwzględnienie jej później w próbie dotyczącej kontroli na miejscu (art. 48 ust. 5 pkt a).

Powyższe, z uwagi na specyfikę niektórych instrumentów wsparcia, nie dotyczy płatności obszarowych w ramach PROW 2014–2020 (płatności rolno-środowiskowo-klimatycznej, płatności ekologicznej, płatności dla obszarów z ograniczeniami naturalnymi lub innymi szczególnymi ograniczeniami (ONW), premii pielęgnacyjnej i premii zalesieniowej, pierwszej premii pielęgnacyjnej do gruntów z sukcesją naturalną) oraz płatności dobrostanowej, to znaczy płatności objętych Zintegrowanym Systemem Zarządzania i Kontroli.